Соборная мечеть располагается на побережье Тобола, в центральной части города, на улице Сибирская.

Здание мечети является единственным в своем роде в Кургане после разрушения мечети, располагавшейся в доме купца А. Галеева.

История ислама в Кургане носит довольно непростой характер. Открытие первой мечети в доме Амрофзана Галеева состоялось в марте 1910 г. В октябре 1912 г. имамом назначили Мухаммедназиба Хабибуллина. В советские годы мечеть, как и большинство других религиозных учреждений, упразднили. Сначала здесь размещалась татаро-башкирская школа, а в 1941 г. ее просто закрыли.

В 2000 г. на должность руководителя мусульманской организации Кургана назначили Салавата Сафарова. В июле того же года в Молодёжном сквере города был заложен первый камень в фундамент нового здания мечети. В августе 2000 г. в автомобильной катастрофе Сафаров погиб. Место нового главы общины мусульман занял его заместитель Рафаил Галиуллин, который в 2001 г. был также избран главой Казыятского управления мусульман Курганской области.

Проект мечети разработали специалисты института «Кургангражданпроект». Они несколько раз выезжали в Тюменскую область, чтобы более подробно ознакомиться с архитектурой здешних мечетей, и уже на основе их составили проект. Здание мечети из красного кирпича возводилось на средства, пожертвованные местными мусульманами.

Стоит заметить, что большая часть мусульман в регионе – это татары (2% от всего населения). Помимо того, в городе Кургане проживает большое количество мигрантов. До постройки здания мечети мусульмане в праздничные дни использовали арендованные помещения одного из городских спортзалов.

После открытия Соборная мечеть смогла принять около 800 верующих. В 2008 г. в цокольном этаже мечети стали проводиться джума-намазы.